Sông được bắt đầu từ đoạn xã Phú Xuân, huyện Nhà Bè và xã Bình Khánh, huyện Cần Giờ theo hướng nam đổ ra Biển Đông tại cửa Soài Rạp, và làm ranh giới tự nhiên giữa các huyện Cần Giờ và Nhà Bè, giữa Cần Giờ và Cần Giuộc (Long An), giữa Cần Giờ và Gò Công Đông (Tiền Giang).

Sông có chiều dài khoảng 40 km, khúc rộng nhất của sông khoảng 3 km nằm phía hạ lưu nơi ranh giới giữa xã Lý Nhơn, huyện Cần Giờ và xã Gia Thuận, huyện Gò Công Đông.